logseq、zotero和坚果云的相互关联配制

最近在BioBit暑期学校认识了很多新朋友,有朋友在见识了我用的Logseq后在问复刻过程,这里就写了一点文字来说明这个事情

  • Zotero是我认为目前最好用的文献管理软件,有很多种插件

  • Logseq是双向链接笔记,可以标注pdf,一个基因一个页面,一篇文章一个页面,一个概念一个页面,信息很整合很好用

    /image/Logseq-Graph.png

  • 坚果云(Nutstore)可以实现多端同步,很好用

  • zotero的文献管理是有云空间的,注册账号后可以自动保存记录,logseq官方本身已经提供了一个与zotero云的协作方案,可以直接在logseq的设置中找到(右上角的三个点图标 > 设置 > 更多功能 > zotero > 设置)

  • 但是因为该方案不是本地的,可能有安全性问题,所以我自己重新找了一个插件做本地的配制

  • 首先是zotero的配置

    • 需要打破zotero原有的文件管理策略,用zotFile插件将pdf附件组织在同一个文件夹下,我是在Logseq数据目录中加了一个文件夹(D:\LogseqData\assets\PaperPDFs)

      • 在zotero的官网下载插件,安装后在设置中配置

      • 在General Settings选项卡中把Source folder和Custom Location的路径改为上面那个文件夹

      • 在Rename Rules中可以把Format的格式修改为{%y}{(%s|%T)}{%t},这样下载的文章文件名自动改为年份(期刊简写)标题 (对于联动是不必要的),有时候下载之后不会自动改,可以右键这个term,在Mange Attachment中手动改一下

    • 使用Better BibTex插件做zotero和logseq之间的联动,这个插件可以将zotero文章的信息自动导出到一个json文件中,logseq使用插件读取该文件即可完成联动

      • 官网下载插件安装后,在编辑 > 首选项 > Better BibTex中修改

      • 在Automatic export中配置,选择On change时自动导出,导出的Library范围可以选择部分zotero文件夹或整个文库,Format选择BetterBibTex Json,导出的文件也直接放在LogseqData目录下

  • 然后是logseq的配置,用到的插件叫做Logtero

    • 这个插件没有在Logseq官方库发布,需要在Github上下载,手动配置加载进Logseq中

      在23年底时,可能因为logseq更新,发现原插件代码运行会不起效了,有人报了Issue,但是作者没有处理,我就自己fork了一个版本

    • 在logseq设置 > 插件设置 > logtero 中进行配置

    • PathToBBT选择那个自动导出的json文件

    • PageTitleTemplate,我填写的是@{{authors}} ({{year}}) {{title}},这样每篇文章标题都带有@符号,然后是作者(年份)标题,这里可以查Github文档自定义

    • PagePropertiesTemplate,是说logseq页面拥有的属性(可以用于图数据库的查询),我写的是{{authors}}, {{journal}}, {{doi}},{{url}},{{year}},{{pdf}},{{filePath}},{{localLibrary}}

    • 这里的pdf是默认给出绝对路径,之前旧版本可以直接被logseq识别出来,新版本logseq需要在添加后手动修改为相对路径

    • 使用的时候,可以直接使用/logseq命令或自定义的快捷键,直接查出来文章

    • 可以使用如下命令在logseq中查询出所有以@开头的页面

      #+BEGIN_QUERY
      {
      :title [:p "Pages that start with @"]
      :query 
      [
          :find (pull ?p [*])
          :where 
              [?p :block/name ?name]
              [(clojure.string/starts-with? ?name "@")]
      ]
      }
      #+END_QUERY
      
  • 一些Logseq的小功能,插件在右上角小点 > 插件 > 插件市场(有时候下载会失败,可以试一下VPN或手动安装)

    • flashcard可以用于背单词或者隐藏一些信息

    • 新版本logseq支持白板工具了,比电脑自带的画图好看一点

    • 皮肤主题可以自己在官方市场上下载测试,我使用的Dev theme

    • todo命令可以管理日程,使用官方商店Todo list可以做汇总

    • Journals Calender可以在主页加上一个小日历,方便跳转到之前的日志中

    • Banners可以在页面上面加一个图,可以好看一点点

    • Text Wrapper可以扩展markdown的颜色,多颜色标记

    • Music Notation可以绘制五线谱

  • 可以直接将Logseq数据文件夹同步进坚果云,在新电脑上直接同步该文件夹到相同的位置,加载进logse即可

  • 在另外一台电脑上,直接运行坚果云,并将整个Logseq数据文件夹同步到本地并加载进Logseq即可(注意插件)